Unité mixte de recherche. FEMTO-ST est rattaché à plusieurs tutelles juridiques : le Centre National de la Recherche Scientifiques (CNRS), l’Université Bourgogne Franche-Comté (UBFC) ainsi que de l’Université de Franche-Comté (UFC), de l’École Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM) et de l’Université de Technologie Belfort-Montbéliard (UTBM).
FEMTO-ST associe les Sciences et Technologies de l’Information et de la Communication (STIC) avec les Sciences pour l’Ingénieur (SPI). Ses 7 départements scientifiques couvrent l’optique, l’acoustique, les micro nanosciences et systèmes, le temps-fréquence, l’automatique, l’informatique, la mécatronique, en même temps que la mécanique et les matériaux, l’énergétique et le génie électrique.
Il compte aujourd’hui plus de 750 membres, départements scientifiques, services communs et direction confondus.
